Статья о параметре AutoCRLF
Если работаете в Netbeans и под Windows, и аплоадите еще и напрямую, то
1. выставьте autocrlf = input. рекомендованный autocrlf = true будет приводить к появлению на хостинге файлов CRLF, а локально с LF.
2. нужно поставить один из плагинов (или оба, они не конфликтуют и не дублируют функционал)
Управляет символами перевода строк при сохранении:
Change Line Endings on Save
Показывает тип символов перевода строки, и позволяет их изменить
Show and change line endings
3. в конфиге установить -J-Dline.separator=LF
Способ опасен тем что ВСЕ файлы, в том числе и самого Netbeans(разнообразные xml), будут записываться в этом режиме. и есть жалобы что это приводит к нестабильной работе плагинов и самого Netbeans’а